Pri avtorski pogodbi se vsa povračila stroškov davčno obravnavajo enako kot honorar, to pomeni, da jih ni mogoče »odšteti« od osnove za plačilo davkov in prispevkov. Davčna obravnava stroškov v zvezi z delom po avtorski pogodbi se v tem bistveno razlikuje od obravnave stroškov v zvezi z delom po nekaterih drugih pogodbah (na primer pogodbi o zaposlitvi, dogovoru o prostovoljskem delu), kjer se stroški za prevoz in nočitve ter drugi stroški ne štejejo v osnovo za izračun davkov in prispevkov. 

Pri avtorski (pa tudi podjemni in mandatni) pogodbi pa se pri izračunu akontacije dohodnine odmerijo le tako imenovani normirani stroški (v višini 10 % honorarja), dejanski stroški pa se ne upoštevajo (v smislu, da bi zmanjševali osnovo za dohodnino in prispevke).

Pri izračunu akontacije dohodnine in prispevkov v nobenem primeru ne smete upoštevati (»odšteti«) dejanskih stroškov. Lahko pa kot avtor pozneje sami uveljavljate dejanske stroške, ki so nastali pri avtorski pogodbi in so višji od 10 % honorarja, pri plačilu dohodnine, in sicer takrat, ko se pripravlja vaš letni informativni izračun dohodnine.

Kot avtor lahko v ugovoru zoper informativni izračun dohodnine za preteklo leto, ki ga v mesecu maju prejmete od FURS, uveljavljate tudi dejanske stroške, ki so vam nastali pri delu po avtorski pogodbi, in s tem znižate svojo osnovo za plačilo dohodnine. Ugovoru morate priložiti dokazila o teh stroških. V tem primeru se bo dohodnina odmerila od »realnega« zneska plačila, torej po upoštevanju dejanskih stroškov prevoza in nočitve, in sicer do višine, ki jo določa Uredba o davčni obravnavi povračil stroškov in drugih dohodkov iz delovnega razmerja  (Uradni list RS, št. 140/06, 76/08 in 63/17). Drugi stroški (ki niso stroški prevoza ali nočitev) se v nobenem primeru ne upoštevajo, ravno tako dejanski stroški ne zmanjšajo zneska prispevkov za socialna zavarovanja.