Nevladne organizacije delavcem po podjemni pogodbi poleg izplačila honorarja pogosto želite povrniti tudi določene stroške, kot so na primer stroški prevoza in nočitve. 

Pri podjemni pogodbi se vsa povračila stroškov davčno obravnavajo enako kot honorar, to pomeni, da jih ni mogoče »odšteti« od osnove za plačilo davkov in prispevkov. Davčna obravnava stroškov v zvezi z delom po podjemni pogodbi se bistveno razlikuje od obravnave stroškov v zvezi z delom po nekaterih drugih pogodbah (na primer pogodbi o zaposlitvi, dogovoru o prostovoljskem delu) po tem, da se pri izračunu akontacije dohodnine odmerijo le tako imenovani normirani stroški (v višini 10 % honorarja), dejanski stroški pa se pri akontiranju dohodnine in izračunu prispevkov ne upoštevajo (v smislu, da bi zmanjševali osnovo za davke in prispevke).

Kot organizacija torej pri izračunu akontacije dohodnine in prispevkov v nobenem primeru ne morete upoštevati (tj. odšteti) dejanskih stroškov.

Kot podjemnik lahko sami pozneje uveljavljate dejanske stroške, ki so nastali pri podjemni pogodbi in so višji od 10 % honorarja, pri plačilu dohodnine, in sicer pri pripravi letnega informativnega izračuna dohodnine.

Kot posameznik lahko v ugovoru zoper informativni izračun dohodnine za preteklo leto, ki ga v mesecu maju prejmete od FURS, dokažete, da so vam pri delu po podjemni pogodbi nastali višji dejanski stroški, in s tem znižate svojo osnovo za plačilo dohodnine. Ugovoru morate priložiti dokazila o teh stroških. V tem primeru se bo dohodnina odmerila od »realnega« zneska plačila, torej po upoštevanju dejanskih stroškov prevoza in nočitve, in sicer do višine, ki jo določa Uredba o davčni obravnavi povračil stroškov in drugih dohodkov iz delovnega razmerja. Drugi stroški (ki niso stroški prevoza ali nočitev) se ne upoštevajo.

Dejanski stroški, ki se upoštevajo pri dohodnini, pa ne zmanjšajo zneska prispevkov za socialna zavarovanja (tega torej ni mogoče doseči niti naknadno).